月が地球に接近し、このままでは崩壊した月がいん石となり、残骸が落ちてくるという最悪の事態を迎えることに。調査を任されたナルトやサクラ、シカマル、サイ、ヒナタは、呪印が刻まれた地底空間にたどり着き、ある計画を知る、そんな中、大筒木カグヤの子孫であるトネリが現れ、ヒナタがトネリの手に落ちてしまい……。