西暦2199年。危機的状況の地球を救うシステム“コスモリバースシステム”を、イスカンダルで入手した宇宙戦艦ヤマトのクルーたち。安心したのもつかの 間、大マゼランを後にするヤマトの前に謎の艦隊が出現。“ガトランティス”を名乗るその艦隊は、ヤマトの引き渡しを要求する。正体不明の生命体まで現れ、 ワープしたヤマトだったが、目の前に広がる異空間には惑星があり……。